第一：冷庫空氣殺菌消毒
生產車間的微生物污染是影響產品質量的極重要因素，臭氧不但可有效地殺滅它們，并可有效去除車間異味。
能使生產車間的空氣、地面、操作臺、器具等物體表面細菌指標達標合格。
第二：更衣室和工作服消毒
生產車間的大部分細菌，都能通過加工人員的工作服帶入生產車間，嚴重時會導致大面積傳播，應引起足夠重視。
食品加工企業大多數采用紫外線照射消毒，因紫外線照射的天然缺陷，消毒效果較差，而臭氧氣體可滲透服裝各個部位，故利用臭氧對工作服進行消毒是高效、簡單的方法。
第三：生產用水的殺菌凈化
臭氧在水中對細菌、病毒、微生物等殺滅率更高、速度更快，對水中有機化合物等污染物質去除徹底，而又不產生二次污染。
傳統的氯制劑消毒后會產生氯仿、二氯乙烷、四氯化碳等氯化有機物，這些物質具有危害。
而臭氧消毒處理后不產生二次污染化合物，且臭氧對細菌的殺滅率比氯制劑更高，殺滅速度大約是氯制劑的300～600倍。
特別在預冷消毒中，克服了次氯酸鈉消毒后氯殘留的缺點，可以高效、經濟、簡便的殺滅細菌。
第四：制備高濃度的臭氧水做為新型消毒劑
把高濃度的臭氧溶解于水中。制成的臭氧水具有極強的廣譜殺菌效果，同時對各種農藥、有機毒物、重金屬離子都有極強的降解作用。
高濃度的臭氧水在完成殺菌消毒及降解其它有害物質時，臭氧重新變成氧氣，在水中不留下殘留物，無二次污染和任何副作用
第五：食品冷庫和保鮮冷庫消毒
冷庫的生物污染源主要是霉菌，它們對化學消毒劑有很強的耐受力，而且在低溫條件下存活。
實驗證明：使用濃度為6～12PPM的臭氧連續3～4小時消毒，可以將包括抵抗力極強的未萌動孢子殺死。
停機后封庫24小時以上，細菌殺滅率達90%左右，霉菌殺滅率可達80%左右。
在食品保鮮中應用臭氧可以起到殺菌防霉與減緩新陳代謝的作用，同冷藏、空調、包裝協同使用，更能提高食品的保鮮效果。
第六：包材、容器的消毒
包裝物、塑料瓶、玻璃瓶等可以使用高濃度臭氧水進行浸泡消毒，可以達到非常好的效果。
